真正的海原光贵出现在美琴面前，而伪装成「海原光贵」的阿兹特克魔法师开始袭击身旁的上条当麻。
两人追逐至某工地战斗时，「海原光贵」被倒塌的钢骨压住。
「海原光贵」要求上条答应他的一个「约定」被躲在墙角的美琴听到。（魔法师最后被上条交由土御门处理）
睡醒之后的一方通行将最后之作带往餐厅吃饭，发现参与「绝对能力进化实验」研究员天井亚雄在餐厅周围徘徊。
一方通行吃完饭后将最后之作独自留在了餐厅，自己则前往「绝对能力进化实验所」。
神道教魔法师闇咲逢魔强行侵入学院都市。
下午——午夜（00：00）
到达研究所的一方通行从研究员芳川桔梗处了解到最后之作的特殊xing以及天井亚雄最近的不稳定动向，于是决定回餐厅找最后之作。
上条带着茵蒂克丝去餐厅吃饭，冲进来的闇咲逢魔将茵蒂克丝掳走，上条开始到处追寻他们。
一方通行回到餐厅，得知最后之作被天井亚雄带走。
在「超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所」门口，一方通行将最后之作脑中的所有电子病毒清除，但同时被天井亚雄shè成重伤。
暗咲逢魔布置出「神乐舞台」，企图从茵蒂克丝脑中获取魔导书《抱朴子》的知识。
从研究所及时赶来的芳川桔梗将最后之作收容到培养器中，与天井亚雄互相对shè至昏迷。
上条在大厦楼顶上发现受到魔导书侵蚀闇咲逢魔以及被绑住的茵蒂克丝，在得知闇咲掳人的动机后，上条决定帮助他解除他心仪女xing的诅咒。（两人在半夜从学院都市冲出去）
在医院中苏醒的芳川桔梗从「冥土追魂」处了解到一方通行和最后之作无生命危险，不过一方通行却必须依靠「御坂网络」的补助演算才能维持身体活动以及能力的使用。
9月1ri（开学式）
上午——
土御门被带到亚雷斯塔的面前，向他通报同属英国清教的魔法师雪莉克伦威尔侵入学院都市，但因为向亚雷斯塔提出由他来对付雪莉的建议遭到亚雷斯塔的反对，被困在无门窗的大楼内。
经过半宿才回家的上条赶到学校参加开学式。
小萌老师在介绍新的转校生（姬神秋纱）时，茵蒂克丝在此时乱入到上条的班级，不过很快就被小萌老师赶了出去。
无所事事的茵蒂克丝在学校的食堂里与自称转校生的风斩冰华成为朋友，不久之后就在更衣室与上条见面。