官员们密切的跟踪辽东来的军报，同时行文辽东巡抚，要求尤其是宁远中后所和广宁前屯卫，派出更多哨探翻越燕山山脉，对原喀喇沁蒙古一带进行侦查，刺探东虏大军的动态以及构成。随即，刘重元又立即与参谋处众人一同推演这次东虏入塞的意图和路线。
“侍郎，连年欠饷，士卒逃亡，再加上大批边军被征调入关剿灭流寇，九边的防御力量本就十分空虚。蓟州随时京师北面门户，且由总督亲自坐镇，有六巡抚六总兵，但是山海关总兵祖大乐、昌平总兵祖宽还有密云总兵唐通俱率主力从洪督正在西北追剿李自成，一线就只剩下蓟州总兵部了，兵力太过单薄。我以为蓟辽吴总督应当调集通州总兵、天津总兵所部支援长城一线各关墙，尤其是喜峰口、洪山口、龙井关、独石口、墙子岭、青山口等几处关隘，崇祯二年己巳之变、崇祯九年后金入塞，都是从这几个关口破口而入。长城沿线地势险要，关口虽然屡遭东虏突破，但是好歹还能凭借有利地形和工事抵挡东虏一阵子，要是等东虏突破进入京畿平原，那可就太被动了，东虏想打就打想走就走，哪里就打哪里，我们完全处于被动挨打状态啊！”
职方司规模大大扩大，原有的值房就不够用了，于是在崇祯七年奏请当时的兵部尚书张凤翼同意然后奏请皇帝，在兵部衙门右墙外的外銮驾库要了西前次库，单独作为职方司的办公与存放档案资料的衙门。其中最核心的南厢按照刘重元的构想布置成了指挥大厅样式，房间最中间是一张一丈见方宽大的木台子，上面放着巨大的大明舆图，清楚的标明辽东、辽西、蓟州、宣府、大同等与后金接壤的地区，这些都是可能的战区，这些舆图也是职方司费劲心力编纂而成，描画准确清晰内容详实，远远超过之前皇宫里收藏的版本，一经绘出立即被皇帝视若珍宝收入宫中，之后职方司只好再重描一份来用。
“从沈阳出发，经广宁过喀喇沁部，然后穿过古北口、喜峰口等处进入京畿，根据前两次后金入寇的行军速度，大致需要一个月，这个时间，无论是洪督师还是卢总理都来不及回援，目前看东虏突破长城一线已成必然，我们要做的除了督促蓟辽总督下属各部加强长城沿线关口的守备之外，还要做好京师的防务准备，万一东虏进犯京师，我们也不至于全无守备智力。”吕大器的分析让众人一片黯然，但是也不得不理性的认为就是如此，刘重元一再告诫众人对军事讨论一定要实事求是，从客观理性的角度去分析问题，决不能感情用事，掺杂着感情拿大话套话进行政治批判，这是刘重元一贯反对和批判的。
“根