至十数，人人举其职，于训辞典约而尽。寻掌延安郡王牒奏。故事命翰林学士，至是特属之。甫数月，丁母艰去。又数月而卒，年六十五。
巩性孝友，父亡，奉继母益至，抚四弟、九妹于委废单弱之中，宦学昏嫁，一出其力。为文章，上下驰骋，愈出而愈工，本原《六经》，斟酌于司马迁、韩愈，一时工作文词者，鲜能过也。少与王安石游，安石声誉未振，巩导之于欧阳修，及安石得志，遂与之异。神宗尝问：“安石何如人？”对曰：“安石文学行义，不减扬雄，以吝故不及。”帝曰：“安石轻富贵，何吝也？”曰：“臣所谓吝者，谓其勇于有为，吝于改过耳。”帝然之。吕公著尝告神宗，以巩为人行义不如政事，政事不如文章，以是不大用云。弟布，自有传，幼弟肇。
肇字子开，举进士，调黄岩簿，用荐为郑州教授，擢崇文校书、馆阁校勘兼国子监直讲、同知太常礼院。太常自秦以来，礼文残缺，先儒各以臆说，无所稽据。肇在职，多所厘正。亲祠皇地祗于北郊，盖自肇发之，异论莫能夺其议。
兄布以论市易事被责，亦夺肇主判。滞于馆下，又多希旨窥伺者，众皆危之，肇恬然无愠。曾公亮薨，肇状其行，神宗览而嘉之。迁国史编修官，进吏部郎中，迁右司，为《神宗实录》检讨。元祐初，擢起居舍人。未几，为中书舍人。论叶康直知秦州不当，执政讶不先白，御史因攻之。肇求去，范纯仁语于朝曰：“若善人不见容，吾辈不可居此矣。”力为之言，乃得释。
门下侍郎韩维奏范百禄事，太皇太后以为谗毁，出守邓。肇言：“维为朝廷辨邪正是非，不可以疑似逐。”不草制。谏议大夫王觌，以论胡宗愈，出守润，肇言：“陛下寄腹心于大臣，寄耳目于台谏，二者相须，阙一不可。今觌论执政即去之，是爱腹心而涂耳目也。”帝悟，加觌直龙图阁。
太皇受册，诏遵章献故事，御文德殿。肇言：“天圣初，两制定议受册崇政，仁宗特改焉，此盖一时之制。今帝述仁宗故事，以极崇奉孝敬之诚，可谓至矣。臣窃谓太皇当于此时特下诏扬帝孝敬之诚，而固执谦德，屈从天圣两制之议，止于崇政，则帝孝愈显，太皇之德愈尊矣。”坤成节上寿，议令百官班崇政。肇又言：“天圣三年，近臣班殿廷，百官止请内东门拜表。至九年，始御会庆。今太皇盛德，不肯自同章献，宜如三年之制。”并从之。
四年，春旱，有司犹讲春宴。肇同彭汝砺上疏曰：“天菑方作，正君臣侧身畏惧之时。乃相与饮食燕乐，恐无以消复天变。”翼日，有旨罢宴。蔡确贬新州，肇先与汝砺