r突变(6例/23例)(图1a)。值得注意的是，tp53和egfr突变在匹配的原发肿瘤和转移肿瘤之间高度一致。
为了研究肿瘤间的异质性，已识别的基因改变被分类为共享的(存在于原发和转移肿瘤中)或私有的(仅存在于原发和转移的肿瘤中)突变。23我们观察到lim队列中肿瘤间的同质性明显更高，被鉴定为共享的基因突变的中位数为%(范围为%-%)。这与brm队列中发现的%(范围为%-%)共享基因突变的中位数形成鲜明对比。
lim-p和lim-m之间的tmb相似(p>)。
然后，我们利用皮尔逊相关分析计算突变相似度，以描述配对的原发肿瘤和转移肿瘤之间突变特征的一致性和差异性。如图1e和1f所示，我们观察到lim组lim-p和lim-m之间的突变一致性较高，而brm组brm-p和brm-m之间的突变一致性有限。统计分析表明，lim组突变相似性的皮尔逊相关系数显著高于brm组(p=)。
我们用皮尔逊相关分析研究了配对的原发瘤和转移瘤之间cnv分布的不一致性。结果显示，lim-p和lim-m之间的cnv模式高度相似，10例中有9例(%)的pearson相关系数大于。然而，配对的brm-p和brm-m之间的cnvs模式高度不一致，11例中只有4例(%)的pearson相关系数大于。统计分析表明，lim组的cnv相似性显著高于brm组(p=)。
总共有42条通路在这些样本中显著富集，与lim-p相比，lim-m具有独特的显著丰富的转移相关通路，如notch信号和ecm-受体相互作用。notch信号也在brm-m中丰富，但在brm-p中不丰富。并且，brm-m，还有许多
独特的途径，如药物代谢、几种免疫相关途径、细胞凋亡和错配修复。为了了解brm-p和brm-m中的通路水平相似性是否也比lim-p和lim-m中的降低，我们进行了通路特征分析，并计算了样本组之间的通路水平相似性(参见材料和方法)。事实上，与它们相匹配的原发肿瘤相比，brm-m有明显不同的途径富集，而lim-m有更多相似的通路。(p=)。
2.配对原发和转移性肿瘤的系统发育关系
为了研究lim和brm的进化过程(例如，线性与平行发展模型4)，我们研究了原发肿瘤和它们匹配的转移瘤之间的系统发育关系。我们推断了基因组改变的序列，然后使用两种独立的算法重建