核战之后，文明毁于一旦。幸存的人类在地下深处开辟了空间。由于食物匮乏、资源紧缺，生存的本性暴露无遗，谁也无法预知自己会在什么时候、以一种什么样的方式死去。饥饿的母亲，在最后一口存粮和嗷嗷待哺的幼子之间做着艰难的选择；上一秒还在畅然大笑的兄弟，下一秒就在炮火中化为灰烬……这是一个没有秩序的时代，善良不再是人类的品德。某一天，无极汰那伴随着陨石，降落世界，巨大的冲击波扭曲了周围的时空，数以万计的未知图腾打破时空壁垒，带着各种各样的宝可梦破壁而来。帕鲁奇亚、帝牙卢卡从长眠中醒来，盘踞在各自的异空间。不同时空的雪拉比，现身于世界各个角落，将地面上的核污染清洁一空，森林和海洋随之苏醒。奈克洛兹玛现身极寒高原，点亮了极北之地。盖欧卡于西海沉睡，马桶王推动大陆板块，使其合而为一，黑白龙努力寻找着属于他们的英雄。几千年后，固拉多徒步袭来，横穿大陆，最终在安密斯火山底