在得到了冰岩马桶后领拉帝亚斯与拉帝欧斯mega进化，尽最快速度飞向神奥地区的最北端。
而已然得到消息的神奥冠军竹兰，感叹于林克还真是狠活不断的同时，也决定介入其中来探寻神话中的超古代精灵的样貌，以及传说中每一千年只会苏醒7天的基拉祈。
持有马桶的少年少女与丰缘、神奥两地区的冠军进入了历史悠久的雪峰神殿，开始了面见雷吉奇卡斯的考验。
在此期间神奥联盟竭力寻找据说封印了二者灵魂的朱红色宝珠与靛蓝色宝珠，只不过却依然一无所获。
与此同时，接受大木博士委托前往宝可梦岛拍摄当地生态的摄像师阿彻注意到了最近栖息在这里的梦幻突然消失，小心翼翼地靠近了它的栖息地。
在这里，阿彻发现了闪电鸟、急冻鸟与火焰鸟等精灵的精灵蛋，以及两颗散发着异常能量的红蓝二色宝珠……
随乐拍中的确出现过三鸟的蛋。