利用时光长廊穿越回到一切发生之前，阻止时限之塔的异变。
只可惜面对能够自如操纵时间的对手，探险队的成员与森林蜥蜴终归还是在时间长廊前被帝牙卢卡围堵。
但异色的时拉比发挥了自身的能力，将皮卡丘、伊布与森林蜥蜴尽数送至短暂的未来，令它们直接出现在了时光长廊之内。
在帝牙卢卡来不及阻拦之际，三只精灵便已回到了过去，而时拉比则果断趁机跑路。
当过去的时间被修复，未来的一切都会消失。
并非所有精灵都像时拉比一样把未来赌在了过去。
纵然停滞的星球只留下虚无的未来，但对于生存的渴望仍然令许多精灵选择了“当下”。
为此帝牙卢卡派遣一只黑夜魔灵再度穿越时间，追击试图令时限之塔与过去的自己恢复正常的精灵……
回到过去的皮卡丘、伊布与森林蜥蜴将情况向胖可丁公会的精灵们尽数说明，总算得到了公会成员的信任。
为此，公会成员开始收集全部放回后仍然无法令当地时间恢复流动的齿轮，同时调查起前往梦幻大地的方法。
最终由人类变成的皮卡丘与搭档终于知晓了目的地所在，通过拉普拉斯大陆旅行社前往了位于七大奇迹之海的梦幻大地。
然而正当抵达神殿的它们即将踏上彩虹石舟前往时限之塔之际，来自未来的追兵却准时抵达。
虽然众人再度击败黑夜魔灵，后者却打算以同归于尽的方式阻止一切。
危急关头森林蜥蜴牺牲自己，与对方一同消失在了时间的尽头。
接连失去队友的皮卡丘与伊布只得独自登上时限之塔顶端，将5枚时之齿轮放回原处。
失控的帝牙卢卡当即出现，决心击杀二人来彻底抹除这个错误。
但经过了不懈努力与眼花种子、寄生种子、束缚之玉等道具的辅助，皮卡丘与伊布终于打倒了时间之神。
时之齿轮与时限之塔恢复效力，时间重新开始流动，陷入狂暴的帝牙卢卡神智再度清明，一切就此恢复了正常。
然而，皮卡丘是未来的人类变化而成的精灵。
如今时间修复，黑暗的未来不再，从现在开始的一切都会截然不同，来自原本未来的一切自然也会消失。
因而在一切结束之后，一路走来的皮卡丘也无可避免的消散。
最终，伊布独自回到了草之大陆……
……
当冒险团一行与超梦合作击败了烈空坐后，离开迷宫的他们发现时间已经恢复了正常，颇有种雷声大雨点小的感觉。