林夕与格瑞循着匿名信中的坐标，抵达南太平洋一座废弃的岛屿。热带雨林蒸腾着腐殖质的湿气，真理之瞳的封印眼镜在潮湿空气中泛起微光，隐约映出地下基地的能量波动。格瑞的项链突然震颤，他蹙眉道：“原主的记忆碎片在共鸣，这里曾是影蛇早期实验场。”
两人潜入地下，通道内布满记忆篡改仪器的残骸。林夕启动真理之瞳，残破的电路在视野中重构出数据流，她捕捉到一串加密坐标：“北纬37°02'，西经122°24'——这不是影蛇的基地，而是……旧金山湾区某所私立学院？”格瑞瞳孔骤缩：“影蛇在渗透其他教育机构？”
警报骤响，机械守卫从阴影中涌现。林夕的瞳孔迸发金光，重构记忆碎片形成防御屏障，将激光炮的攻击转化为数据乱码。格瑞配合她的节奏，用黑客程序瘫痪主控系统，两人突破至核心实验室。这里陈列着新型记忆芯片，培养舱内竟囚禁着各国天才少年，额头贴着与凹凸学院学生相同的控制标记。
“这是‘傀儡工厂’的升级版。”林夕攥紧芯片，真理之瞳灼烧感加剧。突然，实验室穹顶投影出全息影像——一名戴面具的男子，左眼嵌着机械义眼，正是影蛇新任首领“蚀骸”。“欢迎，真理之瞳的持有者。”他的声音如金属摩擦，“伊甸不过是我们弃用的棋子，而你……将成为完美的记忆操纵者。”
蚀骸挥手间，实验室穹顶裂开，无数纳米机器人如黑潮涌向林夕。她以重构之力将机器人转化为记忆探针，反溯至蚀骸的指令源。但蚀骸早有准备，纳米机器人自爆，释放记忆篡改毒雾。林夕的视线被迷雾侵蚀，意识开始模糊，格瑞猛然将她扑向紧急通道，项链中的原主记忆爆发，暂时驱散毒雾。
逃亡途中，林夕发现毒雾中藏着蚀骸的记忆碎片。她强忍灼痛重构画面：蚀骸竟是伊甸的亲信，三年前被派往海外建立“第二学院”，专门捕捉特殊能力者进行记忆改造。而名单顶端，赫然是雷狮与安迷修的名字——蚀骸曾试图控制他们，却因两人意志顽强而失败。
“必须阻止他扩散傀儡网络！”林夕将线索同步至反抗同盟。雷狮的网络传来警报：“蚀骸正通过地下拍卖会，向全球黑暗组织出售记忆芯片！”安迷修迅速组织国际学生联盟，启动法律制裁程序。林夕与格瑞赶往拍卖会现场——一座漂浮于公海的豪华邮轮。