凹凸学院的钟楼指针停在林夕消散的那一刻，但时间并未停滞。三年后的清晨，格瑞站在图书馆顶楼，望着星空中的记忆涟漪发呆。他手中的权杖已不再有裂痕，紫金色光芒流转如常，却总让他想起那道消散的身影。楼下传来安迷修的声音：“格瑞，记忆自治机构的新提案需要你审核。”他握紧权杖，深吸一口气，转身时却发现权杖表面浮现出一行模糊的符文——那是林夕的字迹。
屏幕上突然闪过林夕的虚影，她微笑着留下线索：“虚空之眼从未真正消亡，记忆自治的密钥藏在……冰川之下。”雷狮猛然起身，黑屏的终端迸发出新的数据流——南极冰穹的坐标闪烁着危险的红光。
而在学院的旧实验室，新生代学生秋正调试一台记忆净化装置。装置核心突然迸发紫金色光芒，她耳边响起林夕的声音：“勇敢去探索，记忆是自由的翅膀。”秋抬头望向窗外，远处天空浮现出一道记忆漩涡，漩涡中隐约可见一座古老的记忆之城。
格瑞、安迷修和雷狮在学院中枢重逢，权杖的指引将他们带向南极冰穹。冰层之下，一座被遗忘的“记忆之城”浮现——城市中央矗立着一座林夕的虚影雕像，其瞳孔中流转着紫金色与黑金的交织光芒。雕像基座镌刻着林夕最后的记忆碎片：“虚空之眼的残魂蛰伏于此，等待混沌复苏。密钥在‘记忆之城的守护者’手中。”
三人分组探索城市，安迷修的法律之力解析符文，雷狮的黑客网络破解防御，格瑞的权杖与雕像共鸣。突然，城市深处传来虚空之眼残魂的嘶吼：“你们以为林夕真的赢了？她留下的力量，正是混沌复活的钥匙！”记忆之城开始坍缩，无数傀儡从裂隙涌出，他们的芯片闪烁着与蚀骸相同的猩红纹路。
危机时刻，秋带着新生代团队赶到。她启动林夕遗留的记忆净化装置，紫金色光芒与权杖共鸣，形成一道记忆屏障。格瑞猛然掷出权杖，雕像瞳孔迸发双色漩涡，吞噬傀儡的猩红芯片。安迷修挥剑斩断虚空之眼的能量核心，雷狮的黑客病毒引爆残魂的指令系统。
虚空之眼的残影在消散前发出诡笑：“记忆之神终将归来，而林夕的密钥……早已被篡改！”但格瑞在雕像基座发现一枚新的记忆符石，其上镌刻着林夕的预言：“当混沌再次苏醒，真正的守护者将诞生于记忆之城——他们将以自由之名，重启真理之光。”