然而，新的问题也出现了。
士绅阶层被打压下去，郡守府和各县县衙的日常运转，却出现了明显的滞涩。
许多原本在衙门里担任书吏、幕僚等职位的，大多是这些士绅家族的子弟或者依附于他们的人。
如今主家倒台，或者自身惶恐不安，这些人要么直接跑了，要么就躲在家里不敢露面，要么就是出工不出力，消极怠工。
一时间，许多政务处理效率大大降低。
正如一些心怀怨恨却不敢表露的旧官僚私下里嘀咕的那样：“哼，杀得痛快！我看他以后怎么治理！这天下，读书识字的能有几人？不靠我们这些懂得文书章程的人，他那郡守府，早晚变成一堆废纸！”
古代识字率极低，读书写字几乎是士绅阶层的特权，官府的运转，很大程度上依赖这个阶层提供的人才。
林萧快刀斩乱麻，解决了顶层的威胁，却也暂时斩断了维持基层运转的脉络。