悄然处决倭寇的天皇和皇后之后，牧淳风派出军队四处搜捕，对外声张明仁天皇、秋野庆子皇后已经潜逃。
帝国军完全占领了东京皇城后，牧淳风下令进行所谓的大清洗，所有皇族成员、绝大半倭寇的文臣武将，从人间蒸发，象秋野、吉田这一类的世家大族，更是被抄家灭族，财产充公，大街上到处是帝国士兵，偶尔有枪声响起，有倭人被射杀。
帝国士兵按花名册挨家挨户搜查，清点人数，但凡莫明奇妙多出的人丁，直接被拿下审讯，大多被射杀，一些倭人贫民因语言不通等原因，被帝国士兵当成是想抄家伙顽抗，直接开枪射杀，整个东京皇城到处是血雨腥风，人心惶惶。
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