当时教门派别很多，有清茶门教、牛八（朱）教、十字教、焚香教、混元教、红阳教、白阳教、老君门教、大乘教、清香教、圆顿教、八针教、大阳教等五花八门，其少许多教派都是白莲教的支派。白莲教拥有的群众最多，影响最大。
它本身又分为许多别支，各以教主、首领为中心，组织相当复杂。领导人的名称也很多，有“祖师”、“师父”、“老掌柜”、“少掌柜”、“掌教元帅”、“先锋”等等。
它的这种组织形式，适应于秘密传教（有时也用经文编成歌词，配上民间小调，击渔鼓、打竹板，用说唱的形式传教），分散活动。
既然这个世界兼具明清历史背景，那么在这等邪教组织上的布置多半也差不多。