但是后来，黄教兴起，开始挑战噶举、萨迦等旧派的地位，但是一切的转折，还是在蒙古人这里。
当初漠南蒙古俺答汗为了统一蒙古各部、巩固自身统治，主动引入黄教，意图借助宗教的力量凝聚人心。
公元 1578年，俺答汗与黄教领袖索南嘉措在仰华寺会晤，俺答汗赠索南嘉措“达赖喇嘛”尊号（即三世达赖），索南嘉措则封俺答汗为“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”，双方结成同盟。
此后，黄教在蒙古全境迅速传播，取代萨满教成为主流，蒙古成为黄教最大外部护法，为其在西藏的扩张提供军事后盾。
自此之后，红教与黄教便势同水火，争斗不休，打的不可开交。
这宗教战争的残酷，远超寻常的权力争斗。
如今，红教联合藏巴汗政权，对黄教展开了残酷的打压，焚毁黄教寺院、没收其土地、迫害其僧人，无所不用其极，黄教已然到了濒临覆灭的边缘。
黄教实在是顶不住了，连忙摇人，向自己的蒙古护法求援，漠南土默特部应邀入藏助战。
青海土默特首领拉尊穷哇罗桑丹增、洪台吉率领数千骑兵进入藏地，与拉萨本地的黄教武装（吉雪巴）汇合，在拉萨城郊与藏巴汗的大军展开激战，最终击败了藏巴汗的一万大军，暂时缓解了黄教的危机。
可好景不长，土默特部虽然在1621年取得了胜利，但彼时土默特部内部早已四分五裂，纷争不断，根本无力长期在藏地驻军，也无法彻底消灭藏巴汗政权，只能草草撤兵返回青海。
土默特部一走，黄教再次陷入孤立无援的境地，红教与藏巴汗政权卷土重来，对黄教的打压愈发严苛。
要是按照原来的历史发展，后来外喀尔喀蒙古领主却图汗，因在蒙古内部斗争中被排挤，于1632年率部南下青海，征服了当地的土默特残部，成为青海的霸主。
这却图汗原本信奉黄教，后来却转而改信红教，在青海境内大肆捕杀黄教高僧、拆毁黄教寺院、没收其寺产，与藏巴汗、白利土司结成同盟，三方联手，把黄教往死了整！
当时的黄教高层，五世达赖，四世班禅这帮人一看，土默特已经没了，必须找更强蒙古势力，不然就只能等死了。
于是1635年，黄教派密使赴卫拉特，邀请和硕特部首领固始汗入藏，取代土默特部成为黄教新的护法。
这和硕特部，是卫拉特四部中最早皈依黄教的部落，与达赖喇嘛、班禅额尔德尼的关系最为密切。
固始汗本身早已皈依黄教，还被黄教高层