神宗责诸将无功，谋欲再举。纯粹奏：“关陕事力单竭，公私大困，若复加骚动，根本可忧。异时言者必职臣是咎，臣宁受尽言之罪于今日，不忍默默以贻后悔。”神宗纳之，进为副使。
吴居厚为京东转运使，数献羡赋。神宗将以徐州大钱二十万缗助陕西，纯粹语其僚曰：“吾部虽急，忍复取此膏血之余？”即奏：“本路得钱诚为利，自徐至边，劳费甚矣。”恳辞弗受。入为右司郎中。哲宗立，居厚败，命纯粹以直龙图阁往代之，尽革其苛政。时苏轼自登州召还，纯粹与轼同建募役之议，轼谓纯粹讲此事尤为精详。
复代兄纯仁知庆州。时与夏议分疆界，纯粹请弃所取夏地，曰：“争地未弃，则边隙无时可除。如河东之葭芦、吴堡，鄜延之米脂、羲合、浮图，环庆之安疆，深在夏境，于汉界地利形势，略无所益。而兰、会之地，耗蠹尤深，不可不弃。”所言皆略施行。纯粹又言：“诸路策应，旧制也。自徐禧罢策应，若夏兵大举，一路攻围，力有不胜，而邻路拱手坐观，其不拔者幸尔。今宜修明战守救援之法。”朝廷是之。及夏侵泾原，纯粹遣将曲珍救之，曰：“本道首建应援牵制之策，臣子之义，忘躯徇国，无谓邻路被寇，非我职也。”珍即日疾驰三百里，破之于曲律，捣横山，夏众遁去。元祐中，除宝文阁待制，再任，召为户部侍郎，又出知延州。
绍圣初。哲宗亲政，用事者欲开边衅，御史郭知章遂论纯粹元祐弃地事，降直龙图阁。明年，复以宝文阁待制知熙州。章惇、蔡卞经略西夏，疑纯粹不与共事，改知邓州。历河南府、滑州，旋以元祐党人夺职，知均州。徽宗立，起知信州，复故职，知太原，加龙图阁直学士，再临延州。改知永兴军。寻以言者落职，知金州，提举鸿庆宫。又责常州别驾，鄂州安置，锢子弟不得擅入都。会赦，复领祠。久之，以右文殿修撰提举太清宫。党禁解，复徽猷阁待制，致仕。卒，年七十余。
纯粹沉毅有干略，才应时须，尝论卖官之滥，以为：“国法固许进纳取官，然未尝听其理选。今西北三路，许纳三千二百缗买斋郎，四千六百缗买供奉职，并免试注官。夫天下士大夫服勤至于垂死，不沾世恩，其富民猾商，捐钱千万，则可任三子，切为朝廷惜之。”疏上，不听。凡论事剀切类此。
纯仁字尧夫，其始生之夕，母李氏梦儿堕月中，承以衣裾，得之，遂生纯仁。资警悟，八岁，能讲所授书。以父任为太常寺太祝。中皇祐元年进士第，调知武进县，以远亲不赴；易长葛，又不往。仲淹曰：“汝昔日以远为言，今近矣，复何辞？”纯仁曰