：“岂可重于禄食，而轻去父母邪？虽近，亦不能遂养焉。”仲淹门下多贤士，如胡瑗、孙复、石介、李觏之徙，纯仁皆与从游。昼夜肄业，至夜分不寝，置灯帐中，帐顶如墨色。
仲俺没，始出仕，以著作佐郎知襄城县。兄纯祐有心疾，奉之如父，药膳居服，皆躬亲时节之。贾昌朝守北都，请参幕府，以兄辞。宋庠荐试馆职，谢曰：“辇毂之下，非兄养疾地也。”富弼责之曰：“台阁之任岂易得？何庸如是。”卒不就。襄城民不蚕织，劝使植桑，有罪而情轻者，视所植多寡除其罚，民益赖慕，后呼为“著作林”。兄死，葬洛阳。韩琦、富弼贻书洛尹，使助其葬，既葬，尹讶不先闻。纯仁曰：“私室力足办，岂宜慁公为哉？”
签书许州观察判官、知襄邑县。县有牧地，卫士牧马，以践民稼，纯仁捕一人杖之。牧地初不隶县，主者怒曰：“天子宿卫，令敢尔邪？”白其事于上，劾治甚急。纯仁言：“养兵出于税亩，若使暴民田而不得问，税安所出？”诏释之，且听牧地隶县。凡牧地隶县，自纯仁始。时旱久不雨，纯仁籍境内贾舟，谕之曰：“民将无食，尔所贩五谷，贮之佛寺，候食阙时吾为籴之。”众贾从命，所蓄十数万斛。至春，诸县皆饥，独境内民不知也。
治平中，擢江东转运判官，召为殿中侍御史，迁侍御史。时方议濮王典礼，宰相韩琦、参知政事欧阳修等议尊崇之。翰林学士王珪等议，宜如先朝追赠期亲尊属故事。纯仁言：“陛下受命仁宗而为之子，与前代定策入继之主异，宜如王珪等议。”继与御史吕诲等更论奏，不听。纯仁还所授告敕，家居待罪。既而皇太后手书尊王为皇，夫人为后。纯仁复言：“陛下以长君临御，奈何使命出房闱，异日或为权臣矫托之地，非人主自安计。”寻诏罢追尊，起纯仁就职。纯仁请出不已，遂通判安州，改知蕲州。历京西提点刑狱、京西陕西转运副使。
召还，神宗问陕西城郭、甲兵、粮储如何，对曰：“城郭粗全，甲兵粗修，粮储粗备。”神宗愕然曰：“卿之才朕所倚信，何为皆言粗？”对曰：“粗者未精之辞，如是足矣。愿陛下且无留意边功，若边臣观望，将为他日意外之患。”拜兵部员外郎，兼起居舍人、同知谏院。奏言：“王安石变祖宗法度，掊克财利，民心不宁。《书》曰：‘怨岂在明，不见是图。’愿陛下图不见之怨。”神宗曰：“何谓不见之怨？”对曰：“杜牧所谓‘天下之人，不敢言而敢怒’是也。”神宗嘉纳之，曰：“卿善论事，宜为朕条古今治乱可为监戒者。”乃作《尚书解》以进，曰：“其言，皆尧、舜、禹、汤、