二十二年（1683年）九月，清廷勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。沙俄军不予理睬，反而率兵窜至爱珲（今黑龙江爱辉县）劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游沙俄军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但沙俄军负隅顽抗。康熙二十四年（1685年）正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙帝命都统彭春赴爱珲，数日攻克雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。[169]
康熙二十四年（1685年）秋，沙俄卷土重来，再次占领雅克萨城。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙帝接到奏报，即下令反击。康熙二十五年（1686年）七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。俄将阿列克谢·托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津被清军击毙，俄军改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困，战死病死很多。826名俄军，最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚急忙向清廷请求撤围，遣使议定边界。清廷答应所请，准许沙俄军残部撤往尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）。